Podmorje Viškog arhipelaga oduvijek je bilo iznimno bogato i bioraznoliko. Jedna od najupečatljivijih vrsta morskih sisavaca koje obitavaju u akvatoriju je dobri dupin. Veličina populacije dobrog dupina iznosi minimalno 250 jedinki, a Viški akvatorij je prostor u kojem dobri dupin odgaja svoj pomladak. Na području Biševa i Jugoistočne strane otoka Visa, ukupno je zabilježeno 181 svojta makroalga, 2 vrste cvjetnice, 269 beskralješnjaka, 347 fitoplanktonskih i 100 zooplanktonskih svojti te 4 vrste kitova. Uz 114 vrsta riba zabilježenih na širem području Viškog arhipelaga, ukupno je zabilježeno 1017 svojti. Na strmim morskim dnima Viškog arhipelaga, na mjestima sa smanjenom vidljivošću i jačim strujanjima, razvija se šarolika koraligenska biocenoza naseljena gorgonijama, kamenim koraljima, mahovnjacima, jastozima, pločastim zvjezdačama i brojnim drugim organizmima čija procijenjena površina iznosi 1210 ha. 

Za Viški arhipelag je karakteristična očuvanost gospodarski vrijednog crvenog koralja (Corallium rubrum) na dubinama manjim od uobičajenih, te za Jadran rijetki nalaz crnog koralja (Antipathes sp.) na većim dubinama. Koraligenski strmci dio su ekološke mreže Natura 2000, te ih je potrebno dodatno istražiti i zaštititi. Zbog razvijenih naselja posidonije (Posidonia oceanica) starih i po nekoliko stotina pa i tisuća godina, područja Viškog arhipelaga dio je ekološke mreže Natura 2000. Procijenjeno je da morska biljka posidonija prekriva 1171 ha podmorja Viškog arhipelaga. Morska cvjetnica Posidonia oceanica najraširenija je i endemska morska cvjetnica za Sredozemlje.