Otoci, otočići i hridi Viškog arhipelaga stanište su ukupno 126 vrsta ptica od kojih su 11 ciljanih ptičjih vrsta ekološke mreže Natura 2000 među kojima možemo istaknuti karakteristične pučinske vrste, kao što su Eleonorin sokol (Falco eleonorae), kaukal (Calonectris diomedea) i gregula (Puffinus yelkouan). Naročito je značajan Eleonorin sokol kojeg izvan područja pučinskih otoka u Hrvatskoj skoro niti nema. Otprilike 80 do 100 parova gnijezdi na području Visa, Biševa, Sveca i okolnih manjih otoka. S Viškog arhipelaga poznato je ukupno 17 vrsta sisavaca. Najznačajnija je fauna šišmiša, s ukupno 10 poznatih vrsta od kojih su 4 ciljane Natura 2000 vrste: dugokrili pršnjak (Miniopterus schreibersii), riđi šišmiš (Myotis emarginatus), veliki potkovnjak (Rhinolophus ferrumequinum) i mali potkovnjak (Rhinolophus hipposideros).