Otoci, otočići i hridi Viškog arhipelaga stanište su ukupno 126 vrsta ptica od kojih su 11 ciljanih ptičjih vrsta ekološke mreže Natura 2000 među kojima možemo istaknuti karakteristične pučinske vrste, kao što su Eleonorin sokol (Falco eleonorae), kaukal (Calonectris diomedea) i gregula (Puffinus yelkouan). Naročito je značajan Eleonorin sokol kojeg izvan područja pučinskih otoka u Hrvatskoj skoro niti nema. Otprilike 80 do 100 parova gnijezdi na području Visa, Biševa, Sveca i okolnih manjih otoka. S Viškog arhipelaga poznato je ukupno 17 vrsta sisavaca. Najznačajnija je fauna šišmiša, s ukupno 10 poznatih vrsta od kojih su 4 ciljane Natura 2000 vrste: dugokrili pršnjak (Miniopterus schreibersii), riđi šišmiš (Myotis emarginatus), veliki potkovnjak (Rhinolophus ferrumequinum) i mali potkovnjak (Rhinolophus hipposideros).

Najugroženije otočne vrste su veliki potkovnjak, riđi šišmiš i dugokrili pršnjak. Na otoku Visu je nađena samo jedna vrsta vodozemaca, zelena krastača (Bufo viridis), na svega dva lokaliteta. Na otočju Viškog arhipelaga je ukupno zabilježeno 9 vrsta gmazova, od kojih je svakako najznačajnija populacija na nekim otočićima endemična forma krške gušterice (Podarcis melisellensis var. melisellensis). Na otoku Visu razmjerno su česti nalazi četveroprugog kravosasa (Elaphe quatuorlineata), ciljane Natura 2000 vrste. Interesantan je podatak da na otoku nema zmija otrovnica.

Do sada je istraženo ukupno 872 biljne vrste u flori otoka Visa, 485 vrsta viših biljaka u flori otoka Biševa, 383 vrsta vaskularnih biljaka u flori otoka Sveca, 258 biljnih vrsta flore Palagruškog arhipelaga, 47 biljnih vrsta otočića Brusnik, 23 biljne vrste otočića Jabuka, te 24 biljne vrste otočića Kamika. Među florom Viškog arhipelaga ubraja se 30 ciljanih Natura 2000 vrsta.

Gospodarski važne vrste na otoku Visu i Biševu su loza, rogač i u zadnje vrijeme maslina. Otok Vis poznat je po Vugavi, autohtonoj bijeloj sorti vina iznimne kvalitete koja je služena austrijskim carevima na bečkom dvoru. Na otoku raste i autohtona sorta rogača poznata pod nazivom Komiški rogač koji odskače od ostalih iznimnom kvalitetom i urodom.